دفن مردگان هم رسوم مذهبی دارد هم قوانین حکومتی. با افزایش آمار مرگ‌های ناشی از کرونا، چگونگی دفن قربانیان هم نیازمند دستورالعمل ویژه دولتی است هم فتواهای مذهبی.
تا ساعت دوی بعدازظهر (به وقت ایران) دوازدهم اسفند، بنا بر آمار وزارت بهداشت ایران ٦٦ نفر به سبب ابتلا به کروناویروس ٢٠١٩ جان‌باخته‌اند اما بر اساس اطلاعاتی که از منابع بیمارستانی به بی‌بی‌سی فارسی رسیده چند برابر آمار رسمی است.
مسئولان بهداشت و درمان ایران می‌گویند متوفی همچنان می‌تواند ناقل باشد.
ایرج حریرچی، معاون وزارت بهداشت ایران، پیش از ابتلا به کرونا در آخرین نشست مطبوعاتی خود گفته بود متوفیان در ایران "عینا با پروتکل سازمان جهانی بهداشت دفن ‌می‌شوند که در آن جنس تابوت، چگونگی شستشو، موادی که باید روی جسد ریخته شود، عمق دفن و خاک دور قبر مشخص شده".
اما حالا مسئولان شهرهای مختلف روند‌هایی متفاوت را برای دفن در نظر گرفته‌اند. به گفته غلامحسین محمدی، رئیس مرکز ارتباطات و امور بین‌الملل شهرداری تهران، "رویه مرسوم درباره تدفین برای جان‌باختگان کرونا رعایت نمی‎شود".
او پروتکل سازمان بهداشت جهانی برای دفن جان‌باختگان ویروس کرونای ٢٠١٩ را چنین توضیح داد:
  • متوفی در کاورهای مخصوص قرارگرفته و تا زمان دفن، این پوشش برای جلوگیری از انتقال ویروس باقی می‌ماند و کسی آن را باز نمی‌کند
  • آمبولانس‌های ویژه و پرسنل مجهز اجساد را به بهشت‌زهرای تهران منتقل می‌کنند
  • فوت‌شدگان بر اثر کرونا با آمبولانس و از راهرویی جدا از محل رفت‌وآمد عمومی، به ساختمانی مجزا از ساختمان غسالخانه منتقل می‌شوند
  • قربانیان بیماری کرونا به ساختمان غسالخانه منتقل نمی‌شوند
  • اجساد شستشو نمی‌شوند
  • محل دفن‌ قربانیان بیماری کرونا در "قطعه فوت‌شدگان کرونایی و عفونی" است
  • خاکسپاری بدون حضور خانواده و مراسم عمومی انجام می‌شود
  • خانواده متوفی می‌توانند بعد از تدفین، سایر مراسم عادی عزاداری را برگزار کنند
بنابر اعلام شهرداری تهران، در "قطعه فوت‌شدگان کرونایی و عفونی" بهشت زهرا، بیماران استان قم و البرز هم دفن می‌شوند. گزارش شده برخی از قربانیان در قم نیز در "بهشت معصومه" دفن شده‌اند.